A Kinetic Finite Volume Discretization of the Multidimensional PIDE Model for Gene Regulatory Networks
  • Metaadatok
Tartalom: https://publikacio.ppke.hu/id/eprint/2739/
Archívum: PPKE Publikáció Repozitórium
Gyűjtemény: Állapot = Megjelent
Szakterület = 01. Természettudományok: 01.06. Biológiai tudományok: 01.06.03. Biokémia és molekuláris biológia: 01.06.03.03. Biokémia
Szakterület = 03. Orvos- és egészségtudomány: 03.01. Általános orvostudomány: 03.01.06. Farmakológia és gyógyszerészet
Szakterület = 03. Orvos- és egészségtudomány: 03.01. Általános orvostudomány: 03.01.04. Immunológia
Típus = Folyóiratcikk
Cím:
A Kinetic Finite Volume Discretization of the Multidimensional PIDE Model for Gene Regulatory Networks
Létrehozó:
Vághy Mihály András
Otero-Muras I
Pájaro M
Szederkényi Gábor
Dátum:
2024
Téma:
01.06.03.03. Biokémia
03.01.04. Immunológia
03.01.06. Farmakológia és gyógyszerészet
Tartalmi leírás:
In this paper, a finite volume discretization scheme for partial integro-differential equations (PIDEs) describing the temporal evolution of protein distribution in gene regulatory networks is proposed. It is shown that the obtained set of ODEs can be formally represented as a compartmental kinetic system with a strongly connected reaction graph. This allows the application of the theory of nonnegative and compartmental systems for the qualitative analysis of the approximating dynamics. In this framework, it is straightforward to show the existence, uniqueness and stability of equilibria. Moreover, the computation of the stationary probability distribution can be traced back to the solution of linear equations. The discretization scheme is presented for one and multiple dimensional models separately. Illustrative computational examples show the precision of the approach, and good agreement with previous results in the literature.
Nyelv:
angol
angol
Típus:
Folyóiratcikk
PeerReviewed
Formátum:
text
Azonosító:
Vághy Mihály András; Otero-Muras I; Pájaro M; Szederkényi Gábor: A Kinetic Finite Volume Discretization of the Multidimensional PIDE Model for Gene Regulatory Networks. BULLETIN OF MATHEMATICAL BIOLOGY, 86 (2). ISSN 0092-8240 (2024)
MTMT:34527228 10.1007/s11538-023-01251-3
Kapcsolat:
MTMT:34527228 10.1007/s11538-023-01251-3